D.C.II から３９３９年後の初音島……
ヒトがいなくなった初音島に今なお残る桜の木の下で、ロボットの少女・初音島　未来は、
美味しそうな光る円盤を見つけます。食べてみると、あら不思議。自分の口から素敵なメロディが流れ出てきます。
初めて『ウタ』に触れた未来は、さっそく友達の二人に『ウタ』を聴かせてあげます。
とっても素敵な『ウタ』を、もっともっと集めたいと思った三人は、あらたな『ウタ』を求めて初音島を探索し始めます。
明るく元気な初音島未来と、こんにゃく型ロボットの現在、そしてオンボロなブリキのおもちゃの過去。
はたして仲良し三人組達は、素敵な『ウタ』を見つけることが出来るのでしょうか？